Non credo che questa domanda debba essere limitata alle motociclette; infatti, se si considera la difficile situazione del Wankel rispetto alle auto, si risponde anche alla domanda per altre applicazioni.
Credo che l'ultima grande rotativa di produzione sia stata nella Mazda RX-8, e si è fermata circa 4 anni fa.
La sigillatura dell'apice è sempre stata problematica, soprattutto nelle partenze a freddo. Anche la lubrificazione del rotore è sempre stata un problema e la Suzuki RE-5 che hai citato aveva un sistema per pompare l'olio nella camera trocoidale.
Il calore è stato un vero problema sin dal primo giorno alla fine degli anni '50. Lo scarico rimane a lungo nella camera, trasferendo il calore al rotore e alle camere trocoide. A causa della forma e della geometria intrinseca di un Wankel, è difficile ottenere passaggi di raffreddamento dove devono essere. I sistemi di raffreddamento tendono ad essere complessi e problematici.
Il sistema di accensione è solitamente complesso, costituito da un minimo di due candele per rotore. L'area compressa è una corda lunga e, a causa della sua forma, non favorisce un'accensione a punto singolo con un fronte di fiamma efficiente risultante.
Le emissioni di un rotante non sono facilmente controllabili secondo gli esigenti standard odierni. Questo potrebbe non essere un grosso problema per una motocicletta, ma credo che sia stata una forte influenza della scomparsa dell'RX-8 in Europa.
La linea di fondo è qualcosa a cui @TMN si riferisce: ritorno sugli investimenti, e solo un semplice "Perché?" I moderni motori delle motociclette producono oltre 200 CV / litro. Con pistoni a 4 tempi alternativi . Perché qualcuno dovrebbe prendere in considerazione anche una motocicletta con motore Wankel, quando bestie mostruose da 500 cc e 750 cc (abbastanza trattabili, che soddisfano tutte le emissioni, eccellente risparmio di carburante, gobs di coppia) ... sono disponibili presso tutti i concessionari Honda, Yamaha e Kawasaki in giro? ?
Ciò che apparentemente aveva un senso concettuale e che prometteva un'utopia 12A o 13B negli anni Settanta non si realizzò, sia per le auto che per le moto.